一、Discovery Studio分子对接后分析结果
分子对接前,我们已介绍受体、配体的准备和受体结合位点的定义,并以LibDock为例展示了分子对接。然而,对接完成后,如何分析结果并展示精美的分子对接图呢?
在Discovery Studio中,我们可以通过以下方法分析分子对接结果:基础版包括对接结果可视化、对接打分、计算结合能;进阶版则包括分子动力学、拉伸分子动力学。以下仅介绍基础版。
1.1对接结果可视化
首先,打开分子对接的结果文件,选择查看相互作用功能,定义受体和合适的对接pose的配体。点击Ligand Interactions即可显示受体和配体的非键作用关系。还可以创建不同类型的表面,如蓝色芳香环边缘和橙色芳香环面、洋红色受体供体和绿色受体受体、受体原子的内插原子电荷、亲水性蓝色到疏水性棕色等。
1.2统计对接结果
统计结果包括计算受体和配体对接pose之间的有利和不利的相互作用。根据选择的范围(分子、链、残基或原子),添加属性以识别蛋白质区域。配体可以根据指定的残留进行过滤,并确定游离配体和结合配体的溶剂可及表面积(SASA)。报告提供总结计算出的相互作用的表格和直方图,为进一步分析提供重要信息。热图脚本可交互式可视化受体-配体相互作用。
2.1使用一系列评分函数对配体姿势进行评分
使用广泛选择的评分函数计算活性受体位点上的配体结合。该评分可用于评估配体结合。DS提供如下评分:CDOCKER Scores、LigScore1 and LigScore2、PLP1 and PLP2、Jain、PMF and PMF04、Ludi scores(1,2,3)、CDOCKER Score、Goldscore*、Chemscore*、ASP*、CHEMPLP*(*为GOLD专属,DS提供GOLD对接接口,需要额外购买license)。
2.2计算结合能
估计每个配体和受体之间的结合自由能。受体-配体配合物结合的自由能可以由复合物、受体和配体的自由能计算出来。利用基于CHARMm的能量和隐式溶剂化方法,可以估计这些自由能,从而计算出总体结合自由能的估定值。你可以选择计算一组相关pose的平均结合能。此外,还可以计算结合配体的构象熵和能量损失。为了计算结合能和构象熵,必须指定一个受体结构和一组配体位姿。要计算平均值,必须根据每个基团都有一个以上成员的性质来分组配体。
3选择合适的pose作图
经过以上步骤筛选结果后,可以选择合适的pose输出保存图片,或者通过Pymol等第三方可视化软件进行绘图。
二、pose介绍_pose是什么
本文将详细介绍Pose Studio中文破解版,这是一款功能强大的三维模型动作制作软件,特别适合CG绘画爱好者。版本v2.2.4提供免费下载,软件大小为222.8 MB。
Pose Studio破解版不仅具备免费使用的优势,还内含多种posestudio模型,且附带操作教程,帮助用户轻松上手。它主要用于制作和设计动画,特别在人体动作和结构的处理上,被誉为CG爱好者的神器。它支持FBX、LWO、LWS、OBJ、M3C等多种3D角色模型格式,并能与IllustStudio和ComicStudioEX无缝集成,方便用户将调整好的姿势作为绘画参考。
安装步骤如下:首先运行主程序pose studio _ v 1. 0. 4 _ v 2. exe,接着将cracked文件复制到Tool目录,最后通过pose studio _ fl _ perfect cracked. exe启用破解功能。尽管软件显示为试用版,但破解后的版本功能完整,可保存和打印项目。
教程部分详细展示了软件基础操作,比如调整人体模型、手势设置、关节旋转等,通过简单步骤即可制作出逼真的姿势。例如,用户可以轻松变换手指位置,制作出各种手势,或者调整脚部姿势让模型站立或着地。
Pose Studio的用户界面直观易用,对手势调整工具的说明清晰明了,包括手掌握持、手指锁定等功能,让设计过程变得轻松愉快。最后,软件还提供了调整灯光和视角的功能,以优化最终的视觉效果。
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