一、怎么更新cytoscape
软件一般都可以自动检查更新，如无法更新可到官网下载最新版本
最新版Cytoscape安装注意事项
在cytoscape官网上下载安装软件,下载完成后，双击安装，由于cytoscape是基于java运行环境的，所以必须先安装java。
需要注意的是：cytoscape要求的java版本必须与之配套，否则在安装过程中出现错误提示。提示无法在系统中找到java虚拟机，需要在系统变量中定EXE4J_JAVA_HOME，指向安装64bit的JDK或者JRE。我在安装cytoscape的时候也遇到这样的问题：我已经安装了java，也在系统变量中定义了变量，设置了路径，但是安装cytoscape总是提示在系统中找不到JVM。
二、最新版Cytoscape安装注意事项
访问cytoscape官网下载最新安装包。
下载完毕后，双击安装，因cytoscape依赖Java运行环境，确保已安装Java。
注意，选择与cytoscape匹配的Java版本，不兼容版本会导致安装失败。
若提示系统未找到Java虚拟机，需在系统变量中设置`EXE4J_JAVA_HOME`，指向64位JDK或JRE安装路径。
遇到问题时，我已安装Java，并在系统变量中设置好路径，但安装cytoscape仍提示找不到JVM。
解决步骤如下：
第一步，下载安装11至12版本的Java，确保64位。
第二步，配置环境变量，包含`EXE4J_JAVA_HOME`及`Path`路径。
第三步，确认环境变量设置无误，进行cytoscape安装。
最后一步，输入目标蛋白互作文件，生成网络图，后续进行网络分析，如识别关键基因、子网络等。
三、STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)
在生物信息学研究中，STRING网站和Cytoscape软件是构建精美蛋白互作网络图(PPI)的强大组合。首先，登录STRING官网(string-db.org)，界面直观易用，左侧列出了输入选项，右侧是蛋白输入框，通常选择“Multiple proteins”处理多个蛋白数据。输入基因名（每个基因一个行），并指定物种为“Homo sapiens”，点击搜索并继续。
搜索结果会生成初步的PPI图，但可能较为复杂。这时，Cytoscape的作用就显现出来了。在网页下拉菜单中，了解“Legend”和“Settings”功能，比如调整线条粗细反映蛋白相互作用的强度，通过设置筛选条件优化网络密度。如果图中蛋白过多，可以限制“interactors”数量。
在"Analysis"菜单中，分析节点、边等网络信息，以及GO和KEGG功能。"Clusters"则用于聚类分析，形成颜色分组的网络图。最后，导出TSV文件导入Cytoscape，数据导入后的图形会更加精简。通过“Generate style from statistics”进一步美化，如调整节点大小和颜色与度数相关，边的粗细与结合分数相关。
如果需要制作以特定蛋白为中心的局部网络，只需选择该蛋白并执行相关操作。Cytoscape允许创建以IL10蛋白为例的局部PPI网络，使图形更具视觉吸引力。
总的来说，STRING与Cytoscape的结合，让原始的粗犷PPI图焕然一新，为生信分析提供了极具视觉效果和深度分析的工具。